生痕化石研究的過程中經常遇到的問題是生痕是由何種生物所造成?是如何形成?這是很難回答的問題,因為以目前的研究技術要能詳細觀察各種生物活動的行為來解決生痕為何種生物所造成是有所困難,尤其海洋中底棲性生物的行為更是不容易觀察。假若能利用岩層中保存的生痕化石,經詳細觀察其與岩層的關係並配合現生生痕的研究則可以進一步了解生物的活動模式。因此描述生痕產狀是在研究過程中的首要工作,之後的分類工作只是為研究上的方便,將生物給予命名來區分它們的異同性。
    古生物研究領域中,分類只是研究過程中最初的手段而非最終目的。分類工作必須具備靈敏的觀察與分析能力,因此分類工作是極為煩瑣與重要。古生物學研究的最終目的是探討古生態環境與生物演化,生痕化石則是提供研究古生態環境的最佳材料。各類型化石的分類方式是大同小異,但生痕化石的分類較為特殊,除了利用痕跡的型態與結構為主要依據之外,另外著重於生痕與岩層的關係,因為生痕化石是生物活動所形成的結構。如球狀海膽的匍匐或攝食構造的結構就有所差異,因此有不同的命名,砂層表面的匍匐痕跡稱為Scolicia sp.(圖1),穿入泥層的攝食構造則稱為Subphyllochorda sp.(圖2)。同一種生物在相同環境中可能會有不同的行為,不同生物在相同環境下亦可能會形成相同的痕跡。因此生痕化石的分類必須基於下列幾個觀點來考慮:1.外型,2. 保存狀態,3. 運動形態。

(1) 外型
     外型的分類是基於幾何圖形作為分類依據,如豎管、U型管、直線型、分叉型、弧型、彎曲型、螺旋型、球型、橢圓型、星型,位態有垂直、斜交、水平與隨意狀,大小比率以及痕跡的結構等等皆可作為分類依據。
(2) 保存狀態
     生痕都保存在沉積岩中,與沉積物的關係可以反應生物的行為與環境狀態。因此生痕化石保存在沉積層中的位態描述是對於古生態環境的解釋極為重要。  
(3) 運動形態
     Seilacher首先提出以生物的運動形態作為分類依據,因生物的活動模式與環境有密切關係。不同的生物會有相同的習性與行為,也就是不同種類的生物會造成相似的痕跡。因此建議以生物的運動行為作為分類的依據並提出6種行為模式:居住構造、攝食構造、匍匐痕跡、覓食痕跡、休息痕跡、脫逃痕跡。
   1)居住構造

居住構造的形狀一般為豎管或U型等簡單形式的垂直管。由底棲或半底棲性的攝食性生物(吸食海水中微生物,有機物或肉食性生物)建造永久性或半永久性的居住構造。住所若建於凝聚性較差的沉積物中,為防止管洞四周砂層崩塌生物會分泌出膠質物或利用排泄物或泥球做為壁襯來強化管壁的結構(圖3  
2)攝食構造

由半底棲或底棲性的攝食生物在海床表層沈積物中攝取食物時所挖掘或爬行的痕跡,具有各種不同型態的結構如管狀、螺旋狀等並與層面呈平行或斜交(圖4。其所挖掘的管道也成為永久性或半永久性的居住構造。
3)匍匐痕跡
    底棲性生物於海床上行進時遺留連續無間斷的痕跡。移動方式有走、跑、爬行或蠕行等行為,形成淺凹型的槽狀爬痕,無方向性,無分叉且會重疊;具有直線型(圖5與弧狀彎曲型
4)覓食痕跡

底棲性生物為了有效的攝取沉積物,因此在海床表面覓食時的爬痕具有蜿蜒彎曲的痕跡且不會相互重疊(圖6;此種行為出現於食物缺乏的半深海至深海環境。
5)休息痕跡

生物在海床表面作短暫停留時造成淺凹型的槽狀印痕(圖7
6)脫逃痕跡

 由於被掠奪者追捕或因環境突然改變造成生物逃跑所遺留的痕跡。環境所造成的災害通常發生於突發性的環境變遷,如暴風時強勁的海流與波浪的作用造成海床表層沈積層快速的沉積或侵蝕,迫使居住在表層沉積層中的生物向下或往上脫逃(圖8
   
雖然依照生物活動形態的分類可以了解生物的活動方式,但最重要的是探討環境與生物活動的關係。人類的生活習性在不同環境會有不同的生活模式。生物亦然,不同的環境下有不同的生活模式;反之,相同的環境中不同的生物會有相同的習性。例如高能量環境中食物主要來自懸浮的有機物與浮游性生物,因而生物就以攝食行為為主;在能量低且食物供應不足的環境中,食物主要來自海床表層泥中的有機物,生物則會以攝食表層沉積物的行為為主。因此從岩層或現生環境中生痕的特徵所顯示出生物族群的行為模式即可以了解環境生態的意義。