十九世紀時,古生物學家對於生痕化石即已有了敘述與命名的研究,但在古生物學上的應用僅在於命名的工作,而尚未應用在古生態環境的研究;真正運用在古生態環境的研討則要到本世紀60年代之後。近200年來的生痕化石的研究,從觀察、描述到討論的過程。Osgood (1970)針對生痕化石學的研究發展歷史作了詳細的描述,將其劃分為三個階段:(1)分類階段,(2)討論階段,(3)發展階段

(1)分類階段
    19世紀的古生物學家經常在岩層中發現一些豎管或U型管狀的化石,雖有部份學者認為是無脊椎動物遺留的痕跡,但大部份學者還是認為屬於某些動物或植物的化石,許多生痕都被認為是藻類或蠕蟲化石,直到本世紀中期尚有部份學者有此誤認。此一階段大致在西元1828年至1881年之間,Hitchcock於西元1848年首先將生痕化石命名。

(2)討論階段 
    此階段始於西元1881年至1921年,研究內容著重於分類與討論為何種行為所造成,如Nathorst(1873)認為有許多前一時期認定的藻類化石應屬於無脊椎動物遺留的痕跡。縱然此時對於生痕化石已有相當的認識,但至今亦有爭議。儘管如此,大致上此階段已經開始了解到此類化石是由生物活動時所遺留的痕跡。

(3)發展階段  
    西元1922年之後,古生物與生物學家開始研究現生的海洋生物與沉積環境。尤其針對歐洲北海潮間帶生物的研究,才逐漸了解生物的行為與環境的關係。因此,開始從現生生痕的研究解決了許多生痕化石學與古環境上的問題。第二次大戰期間及之後,科學家積極進行海洋的研究,對於海洋環境有了長足的認識,地質學者也極力探索現生環境的沉積與生物作用,更促進了對於生痕化石的了解。尤其Seilacher1963)首先提出生痕化石相的觀念,並建立生痕相的環境模式,使得日後生痕化石學更朝向古生態環境的研究。