由新竹縣湖口海岸5口鑽井岩心以及定年資料分析，湖口斷層下盤（鳳岡丘陵北側）的紅土礫石層（中壢層）在湖口1號與5號井與鳳岡丘陵頂部紅土礫石層（店子湖層）約有110公尺的高差。但目前尚無法了解湖口1號與5號井中厚約40公尺的紅土礫石層是屬於中壢層或店子湖層；若屬於店子湖層，則湖口斷層兩側的店子湖層則有110公尺的高差。(圖1) 

圖 1 湖口斷層鑽井岩芯對比，高度與長度比率為1:30。

        斷層上盤湖口2號至4號井估算的垂直變動大約在1mm/yr至-1mm/yr之間。此外，斷層下盤的湖口1號與5號井因沒有確切的年代資料，而無法估算變動速率。但是，在距離湖口斷層10至20公里的桃園縣新屋以北至桃園縣大園的海岸出露有全新世的藻礁（7600-3800 yr BP），以此估算垂直變動速率，也大致介於1mm/yr至-1mm/yr之間。

      本研究參考的震測剖面資料引用自石瑞銓等（2009），湖口背斜構造特性也是受到湖口斷層的彎曲造成的褶皺，屬於斷層轉折褶皺。從地表地質資料結合中油震測剖面，認為湖口背斜應從鳳岡丘陵地區繼續朝西南延伸至頭前溪沖積平原，乃至海域，背斜軸部大致位在頭前溪北岸。由本計畫進行海岸平原的鑽井研究，表示在湖口斷層近斷層上盤區域也似乎呈現微抬升現象（~0.1 mm/yr），但是在頭前溪河口附近（南寮國小井）則呈現較大抬升速率為1.7±0.8 mm/yr，此區域正位於湖口背斜軸部附近。(圖2) 圖2 湖口斷層與湖口背斜構造剖面，與長期垂直變動速率。